| 15巻 | ||
| 181話 | VS サボネア | 新たなる物語 |
| 182話 | VS グラエナ | 衝撃の出会い |
| 183話 | VS アチャモ | 80日後の約束 |
| 184話 | VS ドクケイル | コンテスト指導 |
| 185話 | VS コノハナ | 恐怖のニアミス |
| 186話 | VS キノガッサ | ルビーとミツル |
| 187話 | VS カクレオン | はじめての捕獲 |
| 188話 | VS ハスブレロ | 給水口の中に |
| 189話 | VS ルンパッパ | 対決 青装束 |
| 190話 | VS ノズパス | カナズミのジム試験 |
| 16巻 | ||
| 191話 | VS ノズパスⅡ | 特性 磁力を破れ |
| 192話 | VS シザリガーⅠ | 海のならず者 |
| 193話 | VS シザリガーⅡ | 明かせない力 |
| 194話 | VS クチート | あざむきの大群 |
| 195話 | VS マクノシタ | 柔の奥義 |
| 196話 | VS ダンバル | 洞窟の実力者 |
| 197話 | VS ハリテヤマ | 決着のカウンター |
| 198話 | VS プラスル＆マイナンⅠ | もう1つの巨悪 |
| 199話 | VS プラスル＆マイナンⅡ | 船上のダブルバトル |
| 200話 | VS コータス | 赤装束再び |
| 201話 | VS マグマッグ | 潜水艇かいえん1号 |
| 17巻 | ||
| 202話 | VS マグマッグⅡ | 炎の幻影 |
| 203話 | VS ドンファン | 襲いくるカラクリ |
| 204話 | VS ラクライⅠ | 地下に眠る都市 |
| 205話 | VS ラクライⅡ | 発電マシンを倒せ |
| 206話 | VS ヒンバス | 釣り上げて 逃げられて |
| 207話 | VS ザングース＆ハブネークⅠ | 恐ろしき決闘 |
| 208話 | VS ザングース＆ハブネークⅡ | 執念の追跡者 |
| 209話 | VS ケッキングⅠ | 3つ目の選択肢 |
| 210話 | VS ケッキングⅡ | すれ違う心 |
| 211話 | VS ケッキングⅢ | 父の思い |
| 212話 | VS マリルリⅠ | ロープウェイの罠 |
| 213話 | VS マリルリⅡ | 息詰まる攻防 |
| 214話 | VS ペリッパー | 火山活動停止 |
| 18巻 | ||
| 215話 | VS ペリッパーⅡ | 意外なる救援 |
| 216話 | VS マグカルゴ | 決意の再出発 |
| 217話 | VS チャーレム | シダケのコンテスト |
| 218話 | VS アブソル | わざわいの予兆 |
| 219話 | VS ゴニョニョ | 激震 カナシダトンネル |
| 220話 | VS ドゴーム＆バクオングⅠ | 誘惑の篝火 |
| 221話 | VS ドゴーム＆バクオングⅡ | 脱出 そして |
| 222話 | VS ダーテング | 召集 ジムリーダーズ |
| 223話 | VS ラブカスⅠ | 出場 スーパーランク |
| 224話 | VS ラブカスⅡ | 美しさの覇者 |
| 225話 | VS アノプス＆リリーラ | 美の師弟コンビ |
| 226話 | VS チルタリス | ヒワマキでの再会 |
| 19巻 | ||
| 227話 | VS ブーピッグⅠ | 素直な気持ちで |
| 228話 | VS ブーピッグⅡ | 明かされた力 |
| 229話 | VS ルナトーン＆ソルロック | ふたつの宝珠 |
| 230話 | VS トドゼルガ | 巨悪共闘 |
| 231話 | VS アメモース | それぞれの復活前夜 |
| 232話 | VS ナマズン | 涙のハイパーランク |
| 233話 | VS カイオーガ＆グラードンⅠ | 到達 最深海 |
| 234話 | VS カイオーガ＆グラードンⅡ | 超古代獣 目覚める |
| 235話 | VS カイオーガ＆グラードンⅢ | 被災地へ飛べ |
| 236話 | VS カイオーガ＆グラードンⅣ | 真実の伝達者 |
| 237話 | VS カイオーガ＆グラードンⅤ | 蘇る記憶 |
| 238話 | VS カイオーガ＆グラードンⅥ | ただ1つの道 |
| 20巻 | ||
| 239話 | VS カイオーガ＆グラードンⅦ | 空飛ぶ協会本部 |
| 240話 | VS キモリ | あのときの願いを |
| 241話 | VS サマヨール | 天空の修練場 |
| 242話 | VS バルビート | 裏切りの総帥 |
| 243話 | VS アーマルド | マルチバトル開始 |
| 244話 | VS カイオーガ＆グラードンⅧ | 闘う意志のもとに |
| 245話 | VS ビブラーバ | 激突 スリーonスリー |
| 246話 | VS テッカニン | もう1匹いる |
| 247話 | VS カイオーガ＆グラードンⅨ | 幻をうちやぶれ |
| 248話 | VS カイオーガ＆グラードンⅩ | 宝珠の魔力 |
| 249話 | VS カイオーガ＆グラードンⅩⅠ | 引かれあう超パワー |
| 21巻 | ||
| 250話 | VS カイオーガ＆グラードンⅩⅡ | チャンピオン帰還 |
| 251話 | VS カイオーガ＆グラードンⅩⅢ | このマントを託す |
| 252話 | VS カイオーガ＆グラードンⅩⅣ | 大切なあの人 |
| 253話 | VS レジロック・レジアイス・レジスチルⅠ | 結びつくメッセージ |
| 254話 | VS レジロック・レジアイス・レジスチルⅡ | 刻まれた隊列 |
| 255話 | VS バネブーⅠ | 幻の島 |
| 256話 | VS バネブーⅡ | 最後の大特訓 |
| 257話 | VS カイオーガ＆グラードンⅩⅤ | 宝珠が求むる者 |
| 258話 | VS レックウザⅠ | 裂空の覚醒者 |
| 259話 | VS レックウザⅡ | 戦渦の告白 |
| 22巻 | ||
| 260話 | 最終超決戦Ⅰ | 冒険のレコード |
| 261話 | 最終超決戦Ⅱ | 海と陸と天空と |
| 262話 | 最終超決戦Ⅲ | 届け フーセンガム |
| 263話 | 最終超決戦Ⅳ | 粛正の咆哮 |
| 264話 | 最終超決戦Ⅴ | 罪と罰 |
| 265話 | 最終超決戦Ⅵ | 究極の結論 |
| 266話 | 最終超決戦Ⅶ | 心の美しさ |
| 267話 | 最終超決戦Ⅷ | 約束の日 |
| 268話 | - | 脱出 !! |
| 269話 | - | 姿なき攻撃者 |
| 23巻 | ||
| 270話 | - | 飲み込む闇 |
| 271話 | - | シルフスコープの中に |
| 272話 | - | ２の島のキワメ婆 |
| 273話 | - | 戦ノ道 |
| 274話 | - | 発動 究極技 |
| 275話 | - | 動き始める首領 |
| 276話 | - | 伝承 草と炎 |
| 277話 | - | 三獣士登場 |
| 278話 | - | 全島攻撃 |
| 279話 | - | 降り立つデオキシス |
| 24巻 | ||
| 280話 | - | 敗れし者レッド |
| 281話 | - | フォルムチェンジの秘密 |
| 282話 | - | 所有者の資格 |
| 283話 | - | 戦う訳 |
| 284話 | - | ミュウツー参戦 |
| 285話 | - | 意思を持つタワー |
| 286話 | - | 襲いくる分身群 |
| 287話 | - | 故郷トキワシティ |
| 25巻 | ||
| 288話 | - | 拘束具を破れ |
| 289話 | - | 心の奥のトキワ |
| 290話 | - | 宙空の決戦場 |
| 291話 | - | 頂上対決 |
| 292話 | - | 父の名はサカキ |
| 293話 | - | まやかしのオーロラ |
| 294話 | - | 幻は最果てに |
| 295話 | - | ラストショット |
| 296話 | - | デオキシス そのルーツ |
| 297話 | - | 反乱のチャクラ |
| 298話 | - | 脱出のブラックホール |
| 26巻 | ||
| 299話 | - | 本能の呼びかけ |
| 300話 | - | 父の魂 |
| 301話 | - | 戦う者 レッド |
| 302話 | - | 所有者たちの絆 |
| 303話 | VS ウソッキー | まばゆきフロンティア |
| 304話 | VS マルノーム | 穏やかな弾丸 |
| 305話 | VS イルミーゼ | 挑戦 7つの施設 |
| 306話 | VS カイロス | 知識のブレーン |
| 307話 | VS オニゴーリ | 怪しき影 |
| 308話 | VS キルリア | 送信要請 |
| 27巻 | ||
| 309話 | VS ミロカロス | チューブのクイーン |
| 310話 | VS ツボツボ | 運がよければ |
| 311話 | VS サマヨール | ふるさとの土 |
| 312話 | VS レジロック | ピラミッドアドベンチャー |
| 313話 | VS レジアイス | 空翔ける星 |
| 314話 | VS ドーブル | アトリエの洞窟 |
| 315話 | VS アメタマⅠ | 甲冑の男 |
| 316話 | VS アメタマⅡ | タイクーンの実力 |
| 317話 | VS ヌケニン | オーナーの真意 |
| 28巻 | ||
| 318話 | VS ヌケニンⅡ | 勝利を呼ぶ闘志 |
| 319話 | VS ラフレシアⅠ | トーナメント in ドーム |
| 320話 | VS ラフレシアⅡ | 助っ人 到着 |
| 321話 | VS キルリア | ルビー対エメラルド |
| 322話 | VS ジュカイン | 本来のパートナー |
| 323話 | VS リザードンⅠ | スーパースターの戦略 |
| 324話 | VS リザードンⅡ | 宝珠の残像 |
| 325話 | VS スターミー | ガイル再び |
| 326話 | VS ラプラス | 突入 バトルタワー |
| 327話 | VS ゴクリン | 甲冑の素顔 |
| 29巻 | ||
| 328話 | 大決戦Ⅰ | 海の魔物 |
| 329話 | 大決戦Ⅱ | 星に願いを |
| 330話 | 大決戦Ⅲ | 開かない心 |
| 331話 | 大決戦Ⅳ | 憧れと尊敬と |
| 332話 | 大決戦Ⅴ | 新しい自分 |
| 333話 | 大決戦Ⅵ | 真実の瞳 |
| 334話 | 大決戦Ⅶ | 10人の集結 |
| 335話 | 大決戦Ⅷ | トリプル×トリプル |
| 336話 | 大決戦Ⅸ | 授けし者 |
| 337話 | Epilogue | いっそ全員で |